Za Pepejem je turbulentna sezona. Po tem, ko je s Portugalsko osvojil naslov evropskega prvaka, so se nad kariero izkušenega branilca zgrnili temni oblaki. Imel je ogromno težav s poškodbami, zaradi katerih je zelo malo igral, posledično se je znašel na stranskem tiru Zinedina Zidana in ni bil v kadru niti za finale lige prvakov.
Veliko je bilo namigovanj o tem, da bi lahko Pepe zapustil špansko prestolnico, španska Marca pa je objavila novico, da naj bi se Portugalec že dogovoril za dveletno sodelovanje s francoskim PSG-jem. Isti športni dnevnik še navaja, da je do dogovora prišlo v Cardiffu, in sicer le nekaj ur pred velikim finalom.
